火焰灼烧是指利用火焰把微生物直接烧死。微生物实验中，制备样品用的剪刀或刀，接种用的接种环、接种针、挑针或其他金属用具等，可直接在酒精灯火焰上烧至红热进行灭菌。这种方法直接用火焰灼烧灭菌，迅速而且彻底。在接种试验的过程中，试管、三角烧瓶口、接种的吸管和移液管及滴管的外部也可通过火焰进行灭菌。另耐热的小镊子、玻璃涂棒、小刀、剪刀、载玻片、盖玻片利用火焰灭菌时，应先在无水的酒精溶液中浸泡，用时取出迅速通过火焰，瞬时灼烧灭菌。