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按照GB4789.4的检验流程，沙门氏菌的分离需要采用两种平板进行分离，一种是BS琼脂平板，另一种可从XLD/HE/沙门氏菌显色中的任选一种。用接种环分别取TTB和SC增菌液，划线接种于一个上述分离平板，按照相应培养条件进行分离培养。培养结束后，观察平板上的菌落形态。
1、BS琼脂
不同沙门氏菌在BS平板上会呈现不同的形态
①黑色、棕褐色有金属光泽，周围培养基呈黑色或棕色（如：伤寒沙门氏菌CMCC50071，鼠伤寒沙门氏菌ATCC14028，亚利桑那沙门氏菌CMCC47001等）
②灰绿色的菌落，周围培养基不变色（如：甲型副伤寒沙门氏菌CMCC50093等）。
2、HE琼脂
①菌落呈蓝绿色或蓝色，（典型沙门氏菌的菌落特征）
多数菌落中心黑色或几乎全黑色（如：伤寒沙门氏菌CMCC（B）50071，鼠伤寒沙门氏菌ATCC14028等）
有些菌落无黑色中心（如：甲型副伤寒沙门氏菌CMCC50093等）
②菌落呈黄色，（非典型沙门氏菌的菌落特征）中心黑色或几乎全黑色（如：少数可发酵乳糖的亚利桑那沙门氏菌）。
干扰菌：若样品中存在普通变形杆菌或大肠埃希氏菌等能够发酵乳糖的细菌也会出现黄色菌落，从而对检样造成干扰。
3、XLD琼脂
沙门氏菌在XLD平板上的菌落特征为
①菌落呈粉红色，
有中心黑色或全部为黑色（如：鼠伤寒沙门氏菌ATCC14028，肠炎沙门氏菌CMCC50760等）；
无黑色中心（如：甲型副伤寒沙门氏菌CMCC50093等）。
干扰菌：若样品中存在志贺氏菌，也会出现这种形态的菌落，从而对检样造成干扰。
②菌落呈黄色，带或不带黑色中心（如：少数可发酵乳糖的亚利桑那沙门氏菌）；
干扰菌：若样品中存在奇异变形杆菌或大肠埃希氏菌等能够发酵乳糖的细菌也会出现黄色菌落，从而对检样造成干扰。
4、沙门氏菌显色培养基
沙门氏菌在沙门氏菌显色平板上的菌落最好判断，只有一种情况，那就是呈现紫色或紫红色，其他颜色的菌落均不是沙门氏菌。
选择具有上述特征的菌落，进行后续的生化鉴定实验。